In WOPAM hebben we natuurlijk ook quests te volbrengen. Ze zijn anders de dan originele pixelmon quests. Deze zijn custom made en dus heel anders in elkaar gezet. Zo hebben wij speciale missies die je moet volbrengen voordat je een gym leader kan uitdagen of een andere manier dan Mewtwo te klonen. Hier moet je van de professor op zoek naar de verloren onderdelen. Ook maken we soms extra quests voor de DLC uitbreidingen.